پس از شروع بیماری هانتینگتون، توانایی‌های عملکردی فرد به تدریج و با گذشت زمان بدتر می‌شود. میزان پیشرفت و مدت زمان بیماری از فردی به فرد دیگر متفاوت است. زمان ظهور بیماری تا مرگ اغلب حدود ۱۰ تا ۳۰ سال طول می‌کشد. بیماری جوانی هانتینگتون معمولاً ظرف ۱۰ سال پس از ایجاد علائم منجر به مرگ می‌شود.

افسردگی بالینی از عوارضی است که خطر خودکشی را افزایش می‌دهد. برخی تحقیقات نشان می‌دهد که فرد زمانی به خودکشی فکر می‌کند که بیماری او در مراحل متوسط قرار دارد ولی هنوز تشخیص داده نشده است. در این مرحله فرد به دلیل از دست دادن استقلال به این موضوع فکر می‌کند.

سرانجام، یک فرد مبتلا به بیماری هانتینگتون نیاز به کمک در تمام فعالیت‌های زندگی و مراقبت روزانه دارد. در اواخر بیماری، او احتمالاً در یک تخت محبوس خواهد بود و قادر به صحبت نیست. کسی که به این عارضه مبتلا است، به طور کلی قادر به درک زبان است و از خانواده و دوستانش آگاهی دارد. هر چند ممکن است برخی اعضای خانواده را تشخیص ندهد. علل شایع مرگ در افراد مبتلا به این بیماری عبارتند از:

• ذات الریه یا سایر عفونت‌ها
• آسیب‌های مربوط به زمین خوردن
• عوارض مربوط به ناتوانی در بلع